Марбург основан Софией Брабантской в 1228 году как резиденция вдовы гессенского ландграфа. Название города произошло от старонемецкого «mar(c)» (граница), так как он находился на границе между тюрингенским графством и майнцским епископством.

Именно в Марбурге состоялся знаменитый «Марбургский разговор о религии» — диспут между Мартином Лютером и Ульрихом Цвингли о значении причастия.

В 1736 году в Марбург прибыл 25-летний студент из Петербурга Михаил Ломоносов (1711—1765). Вместе с Ломоносовым в Марбурге учился известный химик Дмитрий Виноградов (1720—1758) — создатель русского фарфора.

В 1912 году в Марбурге учился на летнем семестре 22-летний студент из Москвы Борис Пастернак (1890—1960).

Обоим студентам из России установлены мемориальные доски на домах, в которых они жили в Марбурге.

После Второй мировой войны в церкви Святой Елизаветы был перезахоронен рейхспрезидент Германии Гинденбург с супругой.